Por lo general, su idea es que hay una planificación más evidente en los genomas de los organismos de lo que puede explicarse mediante copia ciega y mutaciones puntuales en las proteínas.
Aquí hay dos escuelas: creacionismo y diseño inteligente. El creacionismo es la idea de que esto fue escrito desde fuera del sistema por un diseñador súper inteligente, como Dios. El diseño inteligente es más conservador, simplemente trata de establecer que el genoma tiene más complejidad de diseño que el modelo de evolución de síntesis moderna que proporciona su método. La gente de diseño inteligente no dice que se hizo desde fuera del sistema, solo dicen que parece inteligente.
Estoy de acuerdo con el punto 2, creo que hay ARN allí haciendo cómputo, y el cómputo es sinónimo de inteligencia. Pero el creacionismo es algo ridículo. Así que trataré de separar a los creacionistas de la gente de diseño inteligente.
Algunas veces señalan que cuando tienes un sistema acoplado, necesitas evolucionar conjuntamente las proteínas acopladas, de modo que cuando una proteína cambia, la otra también necesita cambiar. Esta crítica generalmente no es muy buena, porque puede desarrollar una proteína, luego la otra, sin problemas para mantener el acoplamiento fijo. Del mismo modo, argumentan que varias proteínas acopladas, como en un flagelo bacteriano, no se pueden juntar a ciegas, porque no funcionan hasta que estén todas juntas, pero no está claro que esto sea cierto.
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Una versión más sofisticada de este argumento usa redes. Si tiene que arreglar 100 acoplamientos, en una red sensible, necesitaría arreglar 100 proteínas para ajustar la red y más proteínas a medida que las redes se vuelven más sofisticadas. Entonces, en este sentido, la evolución mediante métodos estándar de síntesis moderna se ralentizaría.
Esta crítica es convincente, porque es un problema que han enfrentado los teóricos de la evolución. La idea principal aquí es que a medida que avanza la evolución, selecciona una “región evolutiva”, es decir, una región que puede seguir evolucionando aún. Esta es la idea promovida por Stuart Kauffmann, que el paisaje de los genomas en evolución tiene algunos callejones sin salida, y si terminas allí, en un lugar difícil de evolucionar, el organismo muere.
Pero aquí hay principios generales que sugieren que todos los genomas complejos son difíciles de evolucionar, simplemente porque son cálculos grandes. Esto se debe simplemente al tamaño del cálculo. Cuando otros bits acceden a un bit, proporcionará de manera redundante 10 copias, en cuyo caso el sistema desarrollará la redundancia para hacer cosas diferentes, o bien una mutación que destruya el bit eliminará los ciclos computacionales del bit. involucrado, porque el bit no funcionará igual. Cuando hay bits aguas abajo que dependen de él, ahora tiene que mutar un número creciente de lugares para hacer un cambio coherente, y ahora es una reafirmación de la paradoja del diseño inteligente del tiempo. Wolfgang Pauli señaló esta paradoja en la década de 1950.
En principio general, parece que a medida que las redes se vuelven más complicadas, los mecanismos de evitación deben evolucionar conjuntamente, para obtener más meta, para crear módulos de control que cambien los módulos más pequeños, y estos módulos más pequeños permanecen sin cambios y conservados. De modo que la regulación se acumula en la regulación, y las cosas viejas se congelan para siempre, excepto por mutaciones neutrales o mutaciones seguidas de mutaciones compensadoras.
La coevolución de la mutación con la complejidad sugiere que la evolución actual en eucariotas complejos está en las secuencias no codificantes por completo, no en las secuencias codificantes fijas, que se han fijado esencialmente desde los días de los nematodos. Pero el único subsistema biológico que tiene ese tipo de densidad de bits y capacidad reguladora es el ARN. El ARN puede transportar 2 bits por base, a diferencia de las proteínas, que solo funcionan por dominios y solo tienen unos pocos dominios funcionales cada uno.
El resultado de toda esta evolución reguladora en capas es que el genoma es en gran parte no codificante, y se ve masivamente interconectado y regulado, y el mecanismo de cambio es a través de la reescritura complicada de regiones no codificantes, junto con la deriva neutral lenta en proteínas que sirve en gran medida como un reloj molecular, porque está bajo presión de selección cero. Esta es una predicción compartida por el diseño inteligente y la computación de ARN, y es lo que se observa.