Los orígenes precisos del sexo aún son oscuros, aunque se pueden usar pistas para armar teorías vagas.
Las bacterias intercambian genes regularmente, otorgando a sus clones nuevos genes: de esta manera, la resistencia a los antibióticos puede propagarse rápidamente. Entonces, en las bacterias ya existe un sistema que permite la combinación del ADN de múltiples individuos dentro de una célula, la esencia del sexo.
Muchas especies, tal vez lo que llamaríamos transición de este estado a nuestro propio estado completamente sexual (como muchos gusanos) tienen sexo sin género: dos personas pueden unirse como padres.
El origen real de las características masculinas y femeninas (muchos espermatozoides pequeños, un óvulo grande) se entiende en teoría: cuando dos gametos se combinan, cada uno dona algunos nutrientes y genes. Si un gameto es más pequeño, su hijo tiene menos probabilidades de sobrevivir, pero puede clonarse más rápidamente con un tamaño pequeño e iniciar más niños. Una vez que algunos mutantes comiencen a hacer esto, se favorecerán otras mutaciones que agrandan los gametos (ya que los niños resultantes se mueren de hambre si un gameto contribuye menos que su parte justa). Los gametos más grandes donan más nutrientes, mejorando sus probabilidades.
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Las dos clases tienen un incentivo para continuar haciéndose cada vez más pequeñas, respectivamente, en un ciclo de retroalimentación donde una reducción exige una ampliación compensatoria, lo que permite una mayor reducción de explotación, etc.
Con el tiempo, con dos gametos unidos, este parasitismo y compensación puede resultar en una clase de muchos gametos pequeños que fertilizan pocos gametos grandes: el macho y la hembra.