Esta es en realidad una pregunta muy interesante, y creo que merece una respuesta directa.
(Por cierto, la evolución biológica no es una teoría de los ateos. Es la teoría científica fundamental actual de la biología. Si lo desea, puede creer en cualquier dios o diosa como autor de la evolución. Ningún ateísmo necesario para entenderlo).
Ahora, en cierto modo, tiene razón, al menos según el reclamo. Si alguien dijera que cada rasgo de una especie dada ha evolucionado para beneficiar a esa especie , estaría equivocado. Es un error suponer (y estoy seguro de que muchos entusiastas de la evolución se lanzarían a este error) que cada rasgo que puede señalar en un ser vivo es el resultado directo de presiones selectivas sobre sus antepasados más recientes.
Ciertamente hay una gran cantidad de rasgos que cualquier ser vivo tiene que no hacen diferencia entre la supervivencia / reproducción de un individuo y la supervivencia / reproducción de otro en su misma población.
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La mayoría de los rasgos son viejas noticias
Por ejemplo, su sistema respiratorio, y es reflejo de la tos. Sería una tontería decir que los humanos desarrollaron ese reflejo para deshacerse de algo que obstruye su tráquea. Esa facultad ha estado allí antes en nuestro linaje, y se puede observar observando a otros mamíferos, que son familiares lejanos (vacas, cerdos, perros, gatos …). El primero de nuestros parientes que desarrolló la tos como un rasgo beneficioso vivió (muy probablemente) en el período Cretáceo, cuando había dinosaurios alrededor. Desde entonces, una gran variedad de mamíferos tose, y ese rasgo ha sido una constante que necesita pequeñas actualizaciones. Lo mismo ocurre con muchos otros rasgos.
Para más información: Evolución de los mamíferos, Cretáceo
Algunos rasgos son innecesarios
Además, muchos rasgos que aumentaron la aptitud física para los antepasados anteriores han dejado de serlo para las generaciones futuras, pero no son lo suficientemente problemáticos como para haber sido eliminados (todavía). Por ejemplo, nuestros dedos meñiques (especialmente en nuestros pies) no evolucionaron para ser tan divertidos y pequeños por una razón, simplemente se quedan en su forma aún útil, incluso si una mano o un pie con cuatro dedos fuera igual bueno. Podríamos ser tan buenos para comprender las herramientas, pero no crea problemas, por lo que todavía lo tenemos, al igual que los otros primates. Hay varios otros rasgos como ese.
Para más: vestigialidad
Algunos rasgos no son útiles para cada individuo que los tiene
Y están los rasgos que tienen un uso condicional. Por ejemplo, los machos mamíferos (incluidos los humanos) NO han desarrollado pezones para nada. Son simplemente un rasgo estructural no problemático que mantenemos, que solo se activa (por así decirlo) en su forma útil en las mujeres. Obviamente no es un diseño deliberado.
Para más: pezón