Un miembro de ISKCON me dijo que tanto la homosexualidad como la transexualidad son temas candentes de debate entre los devotos, ya que Srila Prabhupada no parecía compartir posiciones firmes sobre los asuntos. Sin embargo, la persona con quien hablé era de la opinión de que no hay nada malo con los transexuales. Es decir que no hay nada “más” malo con ellos que con cualquier otra persona. Según la filosofía de Hare Krishna, el hecho de que estemos en esta tierra significa que hay algo mal con todos nosotros. Lo que significa que hemos decidido tratar de separarnos de Krishna y, por lo tanto, hemos olvidado nuestra naturaleza divina. Sin embargo, la ley de causa y efecto tiene una influencia sobre todas nuestras vidas y los transexuales no están exentos de la regla. Entonces, hay muchas explicaciones kármicas de por qué una persona puede ser transexual.
Un ejemplo es que un hombre pudo haber tenido mucha envidia de su hermano, durante su última vida. Durante años, trató de emular a su hermano, pero nunca pudo estar a la altura del legado. En algún momento, él muere por suicidio, pensando en cuánto le disgustaba a sí mismo. Debido a que Hare Krishnas cree que nuestro próximo cuerpo y ubicación están determinados por nuestros pensamientos en el momento de la muerte, el hombre nace como una mujer, a quien ella desea que ella sea un hombre.