Es una pregunta interesante con múltiples respuestas diferentes dependiendo de sus suposiciones.
Asunción A: Dios es todopoderoso y puede cambiar las leyes de la física a voluntad . En ese caso, la segunda ley de la termodinámica es simplemente incorrecta, como lo es cualquier otra ley de la física. No se ha encontrado tal violación (en el sentido de que de repente un resultado experimental fue diferente al anterior porque Dios cambió las reglas). Tampoco pudimos verificarlo, porque no podíamos separarlo de que Dios jugara con nosotros. Sin embargo, podemos verificar que rara vez está jugando con nosotros. También se han realizado experimentos para influir en sus decisiones con oraciones y cosas y todo salió negativo.
Asunción B: Las leyes de la física fueron creadas por dios y ahora no cambian. En ese caso, Dios creó la segunda ley de la termodinámica y no cambiará. Sin embargo, también significa que dios ya no existe, en el sentido de cualquier interacción con el mundo tal como lo conocemos, o mejor dicho “las ecuaciones de la física son dios”.
Obviamente eso tampoco es comprobable.
Ambos A y B también equivalen a decir ‘alguna otra entidad está ejecutando nuestro universo como una simulación en su computadora’. Solo A es compatible con la biblia, por cierto. No sé sobre otros textos religiosos / mitológicos, pero la mayoría parece ser incompatible con A.
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Asunción C: Dios (s) son producto de la imaginación humana: ese es el caso con la evidencia ampliamente dominante (dado que cada grupo independiente de personas creó dioses diferentes). En ese caso, obviamente no hay conflicto con las leyes de la física.