¿Está bien prorratear una bonificación sobre una empleada que tomó licencia por maternidad?

Está bien es subjetivo. Obviamente no estaba bien con ella. Aunque sospecho que si bien puede haber sido un problema de AN, no debería haber valido la pena dejarlo y me parece una excusa para irme y tal vez lo hubiera hecho eventualmente a pesar de todo.

Dicho esto, lo legal es fácil de definir, la política de la empresa es fácil de definir, si lo que hiciste fue legal y dentro de la política de la empresa y, además, algo que hubieras hecho a todo tu personal, entonces no tienes nada que perder el sueño.

Como cuestión práctica, cada vez que tenga una deserción, vale la pena ver si los sentimientos se comparten entre su personal y tal vez sea necesario revisar la política. Depende completamente de cómo veas el desgaste frente a la salud fiscal.

Una marca de agua de ética, si esa es su preocupación, sería una visión honesta de cómo habría manejado estar en el extremo receptor de su decisión.