Las principales comunidades sefardíes que viven en Europa fueron aniquiladas.
Probablemente, cientos de miles de judíos deportados a campos de concentración desde Francia, Países Bajos y Bélgica eran sefardíes, aunque se desconoce el número exacto. Había habido comunidades sefardíes en estos países desde la Inquisición española.
Cuando Hitler conquistó los Balcanes, los judíos sefardíes que vivían allí también fueron en gran medida exterminados. 60 000 judíos sefardíes que habían residido en Grecia fueron enviados directamente a Auschwitz-Birkenau. Los judíos sefardíes de Serbia, Macedonia y Rumania también fueron deportados y asesinados. Afortunadamente, los políticos de facto de Bulgaria se negaron a enviar a sus judíos sefardíes al corazón de los nazis, a pesar de las demandas de Hitler. Así se salvaron los judíos de Bulgaria.
Hitler también exigió a la Italia fascista que le enviara a sus judíos, pero ellos también se negaron. Sin embargo, cuando los nazis se mudaron al norte de Italia y lo ocuparon, pudieron reunir a algunos de los judíos allí, aunque muchos escaparon. Aproximadamente 7.500 judíos de Italia fueron deportados a campos de concentración, algunos de ellos eran sefardíes, otros eran judíos italianos de buena fe.
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La Alemania nazi también le pidió al Rey de Marruecos que les enviara a los judíos de su país (Marruecos era militarmente sumiso a Alemania en ese momento), pero él se negó, salvando a cientos de miles de judíos marroquíes.
Se sabe por documentos y correspondencias que Hitler tenía la intención de invadir el Medio Oriente a través de la península del Cáucaso después de conquistar Rusia, y luego reunir y aniquilar a los judíos del Medio Oriente. Su objetivo era eliminar a todos los judíos del mundo, y tenía planes prácticos para hacerlo.
Afortunadamente, los soviéticos lograron cambiar el rumbo en su contra y su plan de Medio Oriente nunca se concretó.