Ya comencé a abordar parcialmente una pregunta muy similar hace un año y medio. Y aunque la pregunta en ese momento se centró en los musulmanes albaneses, los intercambios en la sección de comentarios se refieren a otros países europeos como se menciona en su pregunta.
Respuesta del usuario de Quora a ¿Por qué los albaneses son predominantemente musulmanes, a diferencia de sus vecinos?
En algún lugar, alrededor de la mitad de la población de Rumelia se ha convertido al Islam. La conversión fue voluntaria y, en la mayoría de los casos, debido a los incentivos asociados: pagaría menos impuestos, en caso de disputa legal no estaría en desventaja si la otra parte fuera musulmana y sus posibilidades de ascender en la administración otomana lo harían. han sido más altos

La Revolución Francesa y las guerras napoleónicas demostrarían ser muy tóxicas para el Imperio Otomano. A medida que los ejércitos de Napoleón marcharan por toda Europa, también implementarían una amplia gama de reformas liberales en todo el continente europeo: abolir el feudalismo, la servidumbre, difundir la tolerancia religiosa, emancipar a los judíos y protestantes para que ya no se les restrinja a vivir en guetos. Un subproducto de la ocupación francesa es un fuerte desarrollo del nacionalismo. Es dentro de este contexto de fondo que el primero en abrazar estas ideas revolucionarias sería el griego que lucharía por su independencia desde 1821 hasta 1832. Durante este tiempo, los franceses usarían la oportunidad de conquistar Argelia (1830) y con el jedive egipcio preguntando Gran Siria como retribución por sus esfuerzos para aplastar las revueltas de independencia en Creta que desean ser parte de un Estado helénico más grande.
Cada vez que hay inestabilidad en el Medio Oriente está afectando desproporcionadamente a la población cristiana minoritaria. La mala gestión de la Gran Siria por parte del Jedive egipcio provocará revueltas que culminarán en una guerra civil en Siria y Líbano en 1860 que vería llegar la primera ola de inmigración otomana a las Américas (Brasil, México, EE. UU.).
Después de unos años de estabilidad, el comienzo de la guerra ruso-otomana de 1877 demostraría ser el nuevo ímpetu para dejar un barco otomano que se hunde hacia Rumania, Bulgaria, Bosnia, Chipre, Túnez, Egipto y Serbia. Durante la guerra rusa, pueblos musulmanes enteros serían quemados hasta el suelo, lo que obligaría a la población musulmana sobreviviente que vive en sus territorios ancestrales a emigrar hacia Besarabia o más al sur a Anatolia.
WW1 nuevamente causaría enormes patrones de migración con 1914 causando las segundas grandes migraciones otomanas a las Américas, así como la reubicación forzada de armenios otomanos al interior de Siria. Mientras que durante los años de guerra también afecta a los musulmanes que viven en Serbia, Bulgaria, Rumania, Grecia.
En 1923 se realizarán intercambios de población con musulmanes griegos y de otras naciones que se trasladarán a Turquía, mientras que los cristianos que viven en Turquía irán principalmente a Grecia.
En 1938, cuando los franceses abandonaron Hatay, los cristianos armenios que habían encontrado algunos años de alivio allí tienen la opción de obtener un pasaporte libanés o sirio, o emigrar a Canadá, donde son bienvenidos.
En lo que respecta a Besarabia, es interesante observar el fenómeno opuesto con la presencia allí de los gagauz: cristianos ortodoxos de habla turca.
También me gustaría señalar que la premisa de la pregunta es de alguna manera errónea: los otomanos eran muy tolerantes con respecto a otras religiones y la tolerancia proviene de su ascendencia: es Genghis Khan quien estableció el primer documento escrito sobre la Iglesia Ortodoxa. en Rusia otorgándole protección contra el enjuiciamiento y garantizando la propiedad de sus terrenos y edificios, así como liberándolo de las obligaciones fiscales. El único requisito era rezar por el Khan. Esta no será una tradición aislada que los otomanos tomarían prestada de Genghis Khan: los jenízaros son de alguna manera otra tradición que tomarían prestada de él, Genghis Khan le pide a su madre que adopte huérfanos de las tribus conquistadas.
Como ejemplo, Anatolia no siempre ha sido 99% musulmana, como es el caso hoy, de hecho, la población que vive dentro de las fronteras de la República Turca desde 1939, año en que Hatay se agrega a Turquía, hubiera sido menor que 80% musulmanes antes de WW1 como se puede ver a continuación.

Anatolia ha sido uno de los primeros centros del cristianismo y similar a los Gagauz, antes de la Primera Guerra Mundial, Anatolia estaba habitada por Karamanlıs: cristianos ortodoxos de habla turca que nunca sabían una sola palabra de griego, pero fueron clasificados administrativamente bajo el Imperio Otomano como Millet griego por ser ortodoxos. Cristianos
Y si cree que hemos terminado con los asuntos religiosos, me gustaría informarle que, al comienzo de los últimos eventos que afectaron a Siria, había aproximadamente 1,5 millones de cristianos viviendo en el país que hasta ese momento disfrutaba de la mayor tolerancia religiosa en En el mundo de hoy, cuando Alepo se libera del Daesh, apenas quedan 100.000 de ellos allí.
Entrevista del senador de Virginia Richard Black después de su visita de abril de 2016 a Siria