Expresó su opinión de que el gobierno está obligado a servir a la gente, protegiendo la vida, la libertad y la propiedad . Además, se dedicó a limitar el poder del gobierno. Favoreció un gobierno representativo y un estado de derecho. También insistió en que si el gobierno no protege los derechos individuales, entonces la gente debería rebelarse.
Sus mejores obras fueron sus Cartas sobre la tolerancia. En estas cartas, tenía dos argumentos principales. Uno de estos argumentos fue que una iglesia no debería tener derecho a perseguir a nadie. Los derechos naturales siempre deben permanecer como están. Locke declaró que lo peor que debe permitirse a una iglesia es expulsar a la persona de la iglesia si esa persona limita su poder por la persona que no cree. Su otro argumento fue que la iglesia no puede estar segura de que sus propias formas de maestros sean la verdad absoluta. Él creía que la fe es misteriosa y desconocida, por lo que ningún hombre debería ser castigado por su mentalidad abierta.