¿Cuál fue, en todo caso, la relevancia religiosa práctica o teológica de la secuencia convencional de las Órdenes de la Mishná o los Tratados dentro de cada Orden?

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Como mencionó Eli Shaubi, Maimónides explica el orden en detalle, y puede encontrar una traducción al inglés de parte de su explicación en el siguiente enlace:
Maimónides sobre las seis órdenes de la Mishná
El rabino Reuven Margaliot ofrece una explicación diferente y más técnica del orden de los tratados dentro de cada pedido, y explica que el pedido es simplemente de los tratados más largos al más corto (Eli Shaubi también mencionó brevemente esta explicación). Esto funciona en todos los pedidos, con la excepción de Nezikin, donde el tratado Sanhedrín es más largo que los tres tratados anteriores (Baba Kama, Baba Metzia, Baba Batra) y después es el tratado Makot, que es más corto que los tratados que lo siguen. A esto responde que hay una opinión (que interesantemente rechaza Maimónides) de que los primeros tres tratados son en realidad un tratado y Sanhedrin y Makot son en realidad un tratado, resolviendo así este problema.