1) La principal diferencia entre estos dos es filosófica (y no religiosa). Los escoceses (o todos los eruditos franciscanos posteriores) siguen las ideas neoplatónicas; son básicamente idealistas (significado platónico) y están extremadamente en contra de los métodos de pensamiento peripatéticos (aristotélicos). Por otro lado, los tomistas son los herederos medievales justos de Aristóteles a través de Ibn-e-Sina (Aviccena) y, de alguna manera, Ibn-e-Rushd (Averoes). Entonces, su base de ideas es muy diferente. ¡El otro problema filosófico entre estos dos está relacionado con el nominalismo tomista que a los escoceses no les gusta en absoluto!
2) La diferencia religiosa entre estos dos, supongo, se basa en sus diferentes antecedentes. Los pensadores franciscanos tienen más probabilidades de convertirse en escoceses y los pensadores dominicanos tienen más probabilidades de convertirse en tomistas. Es simplemente porque John Duns Scotus era un fransiscan y Thomas Aquinas era un dominicano.