¿Se discrimina a los no musulmanes en las áreas musulmanas del ME?

Depende del país y la minoría. En Irán, los cristianos, los judíos son tratados bien, pero los bahaíes no son tratados bien en Irán. No pueden ir a la universidad.

En Egipto, los coptos, si viven en partes del Alto Egipto, a veces encuentran prejuicios. Tal prejuicio sería mucho más bajo en lugares como Alejandría.

En Jordania, el gobierno jordano ha hecho todo lo posible para que las minorías se sientan cómodas, y la gente interactúa bastante bien con los cristianos, los drusos. Sin embargo, algunas personas no están demasiado locas por los chiítas, especialmente teniendo en cuenta los conflictos sectarios que tienen lugar en Siria e Irak.

Túnez trata de hacer un punto para tratar bien a su minoría judía. También tiene una pequeña minoría católica, y nunca he leído que ningún miembro de esa minoría tenga problemas.

Supongo que depende de dónde en el ME.

Esto variará de un país a otro. Hay culturas diferentes, algunas más abiertas que otras.
La peor discriminación en los países del Golfo la enfrentan los trabajadores de la construcción, que a menudo son musulmanes de Bangladesh o de la India. Las criadas filipinas (en su mayoría cristianas) tampoco lo tienen fácil.
Hay discriminación dentro de las sociedades árabes, es decir, entre musulmanes.

Puedes presumir eso. Los judíos no son tratados bien en La Meca. Especialmente durante el Haj.