De acuerdo con las Preguntas frecuentes sobre ciudadanía del Ministerio de Justicia (法 務 省 : 国籍 Q&A), existen 6 requisitos para la naturalización como ciudadano japonés:
1. Residencia: debe residir en Japón continuamente durante al menos 5 años.
2. Facultad: debe tener 20 años y ser considerada mayor de edad en su país de origen.
3. Conducta: debe ser un ser humano respetuoso sin antecedentes penales ni antecedentes de delincuencia fiscal.
4. Medios de vida: debe ser capaz de mantenerse a sí mismo. El apoyo de la familia cumplirá este requisito.
5. Prohibición de doble ciudadanía: actualmente debe ser apátrida o estar dispuesta a renunciar a su ciudadanía actual.
6. Cumplimiento constitucional: no debe ser alguien que planifique o defienda la destrucción del gobierno japonés, y no debe unirse o crear un grupo que también lo haga.
Estos requisitos están parcialmente mitigados por otros factores, como tener un cónyuge japonés o hijos japoneses.
En cuanto a la ley oficial para convertirse en ciudadanos, no hay restricciones religiosas de ningún tipo.
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Dicho esto, desde mi experiencia personal y las experiencias de otros extranjeros que conozco en Japón, los problemas de inmigración a menudo se realizan a voluntad del burócrata que trabaja en la oficina el día que presenta su problema. He oído hablar de algunas personas que son extranjeros muy respetuosos que son sacudidos con sus visas de trabajo o solicitudes de residencia permanente solo porque el burócrata parecía ser racista. Parece haber mucho poder individual en el proceso de aprobación de varios procedimientos.
Me imagino que esto también puede aplicarse a la naturalización, pero no conozco a nadie que lo haya hecho personalmente, por lo que es difícil de decir. Si es como otros problemas de inmigración, y la persona que recibe / procesa la solicitud es un racista como el tipo que dirige mi oficina de inmigración local (este tipo le hace pasar un mal rato a cualquiera con una piel ligeramente marrón por todas las historias que he escuchado; afortunadamente soy el color adecuado para él, así que me las arreglé bastante bien), entonces podría imaginarme a un musulmán teniendo dificultades para naturalizarse, pero no sería por ninguna ley oficial.
En cuanto a restringir la construcción de mezquitas o restringir la entrada de musulmanes al país, no hay absolutamente nada de eso. Hay muchas mezquitas en Japón, como señaló otra respuesta, y las universidades y fábricas japonesas están llenas de estudiantes y trabajadores de Malasia e Indonesia, muchos de los cuales son musulmanes. También hay un buen número de pakistaníes en el país, que probablemente también sean musulmanes.
El gobierno japonés es extremadamente secular y cualquier restricción de inmigración basada en razones religiosas probablemente incitaría una buena cantidad de protestas en el Japón actual.