En realidad, la popularidad de Aquino ha aumentado y disminuido desde el momento de su escritura. En general, no fue bien recibido en su propio tiempo o inmediatamente después, aunque tenía algunos partidarios leales. Las facultades eclesiásticas de Oxford y la parroquia lo condenaron en 1277, y la Orden franciscana lo desaprobó, y solo la Orden dominicana defendió al Doctor angelical en la década de 1280 y en adelante.
La articulación aristotélica de Aquino de Transubstanciado fue aceptada más tarde ese siglo. Fue canonizado en la primera mitad del siglo XIV, que anuló las condenas locales en Oxford y París. Aunque fue canonizado y ciertas doctrinas suyas se hicieron dogma, su teología sistemática nunca fue universalmente aceptada, lo que sigue siendo cierto hasta el día de hoy. Tenías a los escoceses que diferían de los tomistas en varias áreas. Los agustinos diferían de Aquino, apegándose al agustinianismo más platónico. Luego estaban los Ocamitas, que siguieron a Guillermo de Occam. Además de esto, ciertos tomistas, particularmente entre los jsuits, terminaron con una especie de tomismo aumentado. Los resultados fueron Molinismo y Suárez.
Con los albores de la iluminación y el espíritu de la modernidad, el tomismo comenzó a caer en desgracia. Hubo personas dentro de la Orden de Predicadores que lo preservaron, pero fue difícil encontrar tomistas fuera de la orden. Fue aún más difícil de encontrar entre los teólogos laicos y filósofos. Esto comenzó a cambiar en el siglo XIX, cuando ciertos tomistas lucharon valientemente para devolver la presencia y la primacía del tomismo en los seminarios y facultades pontificias. En 1879, el Papa León XIII escribió una encíclica titulada Aeterni Patris que pedía un renacimiento del tomismo, considerándolo como la mejor manera de comprometer la modernidad con la antigua verdad cristiana. Esto dio lugar a los avivamientos tomistas de finales del siglo XIX y principios del siglo XX. Figuras como Gilson, Maritain, Lonergan, Wojtyla (Juan Pablo II), Anscome y Garrigou-Lagarange, entre otros, fueron pioneros de esta época.
Con el surgimiento de la Teología de los recursos, a veces llamada Nouvelle Theologie, y los procedimientos del Vaticano II, el tomismo ha disminuido un poco. Esto se debió a un nuevo énfasis en los estudios patrísticos, los estudios bíblicos, el ecumenismo, etc., que no están reñidos con el tomismo, pero el énfasis cambió del escolasticismo / filosofía a otros campos de la Divinidad. No se equivoquen, el tomismo sigue siendo una fuerza a tener en cuenta en la Iglesia Católica, pero no es la fuerza que tenía antes del Vaticano II. Sin embargo, lo que el Vaticano II abrió fue un interés sin precedentes en el tomismo por parte de cristianos que no son católicos romanos.
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Hay una creciente popularidad en el tomismo en los círculos protestantes. Obviamente, el tomismo protestante no es una observancia estricta de su teología sistemática, pero muchos protestantes han recibido su metafísica, doctrina de Dios, argumentos para la existencia de Dios, ética de la virtud e incluso su soteriología, que algunos argumentan que está más cerca del calvinismo de lo que alguna vez se pensó. De esta manera, hay una especie de renacimiento tomista fuera de la Iglesia Católica Romana, que es interesante en sí mismo.