Debido a los vínculos de Europa de la Edad Media con el Imperio Romano, gran parte de la cultura medieval se basaba en la romana, aunque a menudo se reinterpretaba y mutaba. Y las deidades paganas eran parte de la cultura romana. Además, en la Antigüedad tardía, muchos poetas cristianos usaban imágenes paganas de una manera puramente artística y metafórica. Algunos poetas medievales continuaron haciéndolo. Los cuentos sobre historia y mitología antiguas (romances de Alexander, narraciones de guerra de Troya) fueron tan populares en la Edad Media como cualquier cosa podría ser en un tiempo relativamente analfabeto, por lo que este clasicismo reinterpretado también tuvo un atractivo popular. La Iglesia generalmente no tenía objeciones al uso metafórico o anticuario de los motivos clásicos, ya que a) prohibirlos destruiría una parte de la alta cultura de la época, y las personas de alto rango jerárquico generalmente eran cultos y educados yb) un renacimiento serio de la religión helénica en Europa medieval era una perspectiva poco realista de todos modos. Por supuesto, los eclesiásticos probablemente estarían de acuerdo en que centrarse demasiado en el clasicismo es malo, ya que resta valor a los asuntos cristianos, pero eso es todo lo posible. Es cierto que el clasicismo medieval estaba principalmente en el ámbito de las letras que en el ámbito de la pintura, aunque probablemente podría encontrar ejemplos de este último, como estos:
http://www.metmuseum.org/toah/hd…
Parece que las deidades paganas árabes no jugaron un papel tan importante ni en la alta cultura ni en la imaginación popular del mundo musulmán, y fueron mucho más fáciles de condenar a la oscuridad y al desinterés general.
TL; DR: la Iglesia nunca quiso erradicar la memoria del paganismo clásico en primer lugar.