El control otomano sobre los territorios albaneses se aseguró en 1571 cuando Ulcinj, actualmente en Montenegro, fue capturado. El impacto más significativo en los albaneses fue el proceso gradual de islamización de una gran mayoría de la población, aunque tal proceso solo se generalizó en el siglo XVII. Principalmente los católicos se convirtieron en el siglo XVII, mientras que los albaneses ortodoxos se hicieron musulmanes principalmente en el siglo siguiente. Inicialmente confinado a los principales centros de las ciudades de Elbasan y Shkodër, para entonces el campo también estaba abrazando la nueva religión. En Elbasan, los musulmanes constituían poco más de la mitad de la población en 1569–70, mientras que en Shkodër esto era casi el 90% y en Berat más cerca del 60%. Sin embargo, en el siglo XVII, la conversión católica al Islam aumentó, incluso en el campo. Los motivos para la conversión según los estudiosos fueron diversos, dependiendo del contexto. La falta de material fuente no ayuda al investigar tales problemas.
Si bien también hay una afirmación como tal:
Durante el dominio otomano, la población albanesa comenzó a convertirse gradualmente al Islam a través de las enseñanzas del bektashismo, a fin de obtener considerables ventajas en las redes comerciales, la burocracia y el ejército otomanos. Muchos albaneses fueron reclutados en el Janissary Otomano y Devşirme, y 42 Grandes Visires del Imperio Otomano eran de origen albanés. Los albaneses más prominentes durante el dominio otomano fueron: Koca Davud Pasha, Hamza Kastrioti, Iljaz Hoxha, Nezim Frakulla, Köprülü Mehmed Pasha, Ali Pasha, Edhem Pasha, Haxhi Shehreti, Ali Pasha de Gucia, Ibrahim Pasha de Berat, Köprülü Fazıl Ahmed, Muhammad Ali de Egipto, Kara Mahmud Bushati, Ahmet Kurt Pasha.
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