El papa Inocencio III (papa de 1198-1216) se adhirió a la idea teológica de que el papado fue instituido divinamente y, por lo tanto, el papa era superior a todos los reyes y emperadores. Ya en el Papa Gelasio I (492–496) se puede encontrar su teoría de las dos espadas: la espada espiritual y la temporal. Los papas estaban a cargo del reino espiritual, mientras que los emperadores cristianos estaban a cargo del reino terrenal. Gregorio VII (1073-1085) amplió este concepto a uno de soberanía completa sobre todos. Por supuesto, fue resistido, especialmente por el Emperador del Sacro Imperio Romano Enrique IV, quien se vio obligado a ir al encuentro del Papa en Canossa, una fortaleza perteneciente a su prima, Matilda, la Gran Condesa de la Toscana. Ella apoyó al papa, quien a su vez confirmó su reclamo de heredar sus tierras, a pesar de que era una mujer. Ella, a su vez, prometió ceder todas sus tierras al papa. Aunque el emperador sufrió un revés, tanto del papa como de los ejércitos de Matilda, este no fue el final de su lucha. El emperador consiguió que 13 cardenales abandonaran su lado y eligieran un nuevo papa (conocido como “antipapa”, uno que no es reconocido hoy). Sin embargo, a pesar de ser derrotado por las fuerzas imperiales y obligado a huir de Roma, sus papas sucesores se negaron a retirarse de su inmortal reclamo de autoridad suprema y suprema.
Inocencio III acudió en ayuda del asediado rey Juan de Inglaterra, cuando se vio obligado a firmar la Carta Magna y fue derrotado casi por completo por sus barones de la oposición. Luego, John entregó Inglaterra al Papa Inocencio III como un feudo papal. El papa a su vez anuló la Carta Magna. También se entrometió en la sucesión imperial cuando el emperador Enrique VI murió repentinamente a los 33 años cuando estaba a punto de embarcarse en una cruzada a Tierra Santa. El hijo de Enrique, Federico II, tenía solo dos años, por lo que el papa respaldó al hermano de Enrique, Felipe de Suabia, como emperador. Se opuso al intento de Markward de Anweiler de hacerse cargo de Sicilia como guardián del joven Federico II. Reconoció al primer emperador latino de Constantinopla, Badwin IX de Flandes, y también al primer patriarca latino de Constantinopla, Tomasso Morosiini. Aprobó la selección de Juan de Brienne como esposo de la joven heredera, María de Monferrato, convirtiéndolo en el rey efectivo de Jerusalén. Entonces, en general, no solo pensó que tenía el derecho y la autoridad para entrar en todas estas situaciones, sino que otros estuvieron de acuerdo con él o se vieron obligados a reconocerlo. Fue, posiblemente, el papa más poderoso de la historia de la Iglesia Católica Romana.