La ciencia no prueba que las hipótesis sean ciertas. Sin embargo, dado que la ciencia puede probar que las hipótesis son falsas, puede reafirmar una hipótesis no probada como la declaración inversa y llegar a una verdad absoluta: la Tierra no es plana.
Ahora, lo que esto tiene que ver con el ateísmo, no lo sé. El ateísmo es en sí mismo una afirmación inversa: no creo que existan dioses. No hay mucho en la forma de unificar principios o características comunes que resultan de la ausencia de un pensamiento. La inclusión de “ateo” en la pregunta implica que el OP no cuestiona la ciencia, sino el dogma religioso. El dogma religioso decreta que algunas cosas son absolutamente ciertas, a pesar de que no tenemos ninguna razón para creer que las cosas sean incluso verdaderas. Obviamente, decretar que algo sea verdadero no tiene relación con su verdad real, ni tampoco la convicción absoluta en la verdad de algo. El dogma religioso está en el reino de la fantasía con cosas como los cómics, y no tiene relación con la verdad absoluta y, en general, no tiene relación con la verdad de ningún tipo. Esto se debe a que en realidad no existe una base para apoyar el dogma religioso, por eso es un dogma.