Las ex repúblicas soviéticas como Azerbaiyán, Kazajstán, Uzbekistán, etc. son países de mayoría musulmana, con cifras de ateísmo en el rango del 2 al 3%. No son particularmente perseguidos hasta donde yo sé.
El secularismo es una parte importante de la República de Turquía (~ 96% musulmán), lo que significa que su ~ 3% no religioso no está siendo perseguido por el estado.
He visto historias recientes sobre el ateísmo en Iraq, incluidos muchos apóstatas musulmanes.
Muchos países de mayoría musulmana tienen gobiernos seculares (vg el régimen de Assad en Siria) que otorgan cierto grado de libertad religiosa, incluido cierto grado de libertad de religión. Aunque eso podría cambiar. El régimen de Erğodan en Turquía está promoviendo la islamización, la oposición siria al régimen de Assad es islamista (sin contar ISIS, pero la otra oposición, la que fue apoyada por los EE. UU.), Mientras que Azerbaiyán tiene una gran tolerancia religiosa, el islamismo es fuerte en el centro Asia.
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Irak está construyendo un gobierno basado en principios seculares (para que ni el Islam suní ni el chií se conviertan en la religión oficial), lo que está llevando a una relativa mayor tolerancia a los ateos. Pero existe la amenaza del islamismo, como el ISIS.
Y, por supuesto, están los ateos del armario. No suelen aparecer en las estadísticas.