Shankaracharya no era un vaisnava. Él predicó Advaita vedanta (popular en los círculos Vaishnava como mayawada). Según Advaita vedanta, Brahman o el aspecto sin forma de Dios es la realidad más elevada y las almas individuales (Atman) no son para nada diferentes ni están separadas de Brahman. Tal separación es solo aparente y Atman siempre es uno con Brahman. La realización o Mukti según él reside en darse cuenta de la unidad con Brahman.
Él creía que bhakti era una forma válida de lograr este objetivo. Comenzó el método de adoración panchayatan en el cual cinco dioses son adorados. Uno de los cinco puede mantenerse como ishta o dios favorito, pero se ofrece adoración a los cinco. Los cinco dioses son, Shiva, Vishnu, Devi, Ganesh y Surya. Algunos agregan Karthikeya también a esta lista de cinco. Esto se hizo para que el buscador se dé cuenta de que, aunque las formas son diferentes, todos estos dioses no son más que la manifestación del mismo Brahman. Por lo tanto, los sentimientos sectarios y los sentimientos de superioridad entre las diferentes secciones podrían superarse. Por lo tanto, creo que sería un error decir que ADI Shankara era un vaisnava. No era ni un shaivaite ni un Shakta. Él adoraba a todas las formas por igual porque sabía que todas ellas eran la manifestación del mismo Brahman. Esto se justifica por el hecho de que escribió stotras (versos de oración) en alabanza a casi todos los dioses del hinduismo.