Fue en gran medida un problema de personalidad. Galileo tenía tendencia a ser abrasivo y a sobreestimar su propio genio. Entró en conflicto con la iglesia católica al impulsar la teoría científica del heliocentrismo, que carecía de evidencia sólida y contradecía directamente la Biblia (al menos la forma en que se interpretó en ese momento).
Como ya he cubierto el tema en detalle en otra respuesta, publicaré la parte relevante aquí:
Como la mayoría de los científicos de su época, Galileo era un buen católico. Pero eso no significa que estuvo de acuerdo con toda la ortodoxia. A saber, no le gustaba la creencia de que la Biblia debería ser una autoridad en asuntos de ciencia. Sucede que algunas observaciones que hizo con su telescopio lo llevaron a creer firmemente que la Tierra y los otros 5 planetas que se conocían en ese momento giraban alrededor del sol.
Esto no fue, contrariamente a lo que habrás escuchado, una idea herética (todavía). Copérnico escribió un libro sobre el tema antes de que Galileo comenzara a impulsar la idea, y se llevaba bien con la iglesia. La diferencia es que Copérnico fue menos agresivo y no insistió en que su teoría fuera cierta en ningún sentido literal. Fue útil para resolver problemas matemáticos, y más allá de eso, podría tomarlo o dejarlo.
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Pero Galileo estaba bastante seguro de que la Tierra realmente giraba y giraba alrededor del sol. No solo eso, sino que insistió en que la Biblia debe ser reinterpretada para que se ajuste a este hecho. Los teólogos y las autoridades religiosas de la época no se oponían por completo a esta idea. El problema era que Galileo no tenía suficiente evidencia para apoyar su teoría. De hecho, su evidencia favorita fue que las mareas son causadas por la rotación de la Tierra. Esto no tenía sentido y nadie lo estaba comprando.
A pesar de su tendencia a frotar a la gente de la manera incorrecta, Galileo en realidad tenía seguidores en la iglesia. Uno de ellos incluso escribió un libro explicando cómo el copernicanismo era compatible con la Biblia. Pero también tenía muchos enemigos, no todos los cuales eran parte de la iglesia.
Los enemigos de Galileo presentaron casos contra él dos veces. La primera vez, la Inquisición lo dejó ir, pero le pidieron a un comité que investigara el tema del copernicanismo. El comité determinó (con razón, de acuerdo con la evidencia disponible en ese momento) que el copernicanismo carecía de apoyo científico (de hecho, usaron palabras más fuertes, en el sentido de que era un completo disparate). También lo declararon herético porque iba en contra de la Biblia. Le dijeron a Galileo que dejara de decir que era literalmente cierto.
Las cosas clave a tener en cuenta aquí son que la Inquisición no estaba destinada a atrapar a Galileo, y que el comité no declaró el copernicanismo como herético simplemente porque iba en contra de la Biblia. Primero examinaron la evidencia científica detrás de esto para ver si tenía sentido.
La segunda vez que Galileo fue llevado a la Inquisición, también pudo haberse salido con una simple palmada en la muñeca. Pero su antiguo amigo el papa Urbano VIII intervino para asegurarse de que fuera castigado. ¿Por qué? No está del todo claro, pero parece que Galileo había cabreado al Papa haciéndole sentir como un idiota. El Papa le había pedido a Galileo que pusiera un argumento particular contra el copernicanismo en su libro (que se suponía que era una comparación equilibrada entre el copernicanismo y el sistema ptolemaico, pero no estaba equilibrado en absoluto), y Galileo lo puso en la última página, hablado De la boca de un tonto.
Entonces Galileo fue arrestado en casa. No por ser un hereje o un científico de principios o por desafiar a la iglesia católica, sino por traicionar a su amigo y, en general, ser un pomposo.
Si desea una historia más detallada (y complicada), puede consultar la publicación de mi blog sobre el tema.