Las iglesias han estado exentas de impuestos extraoficialmente desde que se fundó la nación, y los 50 estados y el Distrito de Columbia lo han afirmado por ley. Se ha determinado que la exención de impuestos no es un subsidio de la religión y, por lo tanto, no viola la cláusula de establecimiento de la Primera Enmienda. Algunos argumentan que la separación de la iglesia y el estado requiere que las iglesias no sean gravadas porque sería una interferencia indebida del gobierno. Pero el tema no ha sido litigado en detalle.
En general, no es un problema, porque las iglesias se incorporan como organizaciones benéficas sin fines de lucro de todos modos, y están libres de impuestos sobre esa base. Para gravarlos sería necesario gravar a todas las organizaciones sin fines de lucro. No se podían destacar las iglesias porque eran religiosas.
Al igual que todas las organizaciones benéficas, las iglesias tienen prohibido realizar campañas políticas. Sin embargo, esto no parece aplicarse estrictamente.
La conclusión es que mientras las iglesias sigan siendo organizaciones benéficas y se comporten como organizaciones benéficas, no se les aplicarán impuestos.