Me encanta la respuesta de Shalone. Para agregar:
La inquisición medieval, dirigida por la Iglesia Católica, fue en gran medida un intento de detener los asesinatos de la mafia de los impopulares acusándolos de ser infieles. Antes de la inquisición, alguien hace algo que no te gusta, así que reúnes a tus amigos para hacer que la multitud los linche.
La inquisición en realidad trajo un proceso legal a la pregunta de si alguien intentaba socavar la cosmovisión religiosa que apoyaba el orden social. Se centró en educar a los acusados para que entiendan la fe católica. Hizo acusaciones falsas punibles.
Ahora, también podría señalar que la inquisición cooperó con el estado en la entrega de herejes condenados para ser quemados o ahorcados (en Inglaterra), pero la tasa de condenas a muerte fue muy baja. Y, también asumiría que a veces estas inquisiciones funcionaban admirablemente, y otras fallaban en defender la justicia. (Juana de Arco fue un caso de injusticia)
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Y, finalmente, las Inquisiciones españolas y portuguesas fueron significativamente diferentes por varias razones, principalmente porque estaban bajo el control de la corona y no de la iglesia.
Respuesta corta: la sociedad civil decidió dejar de enjuiciar la herejía como un delito civil castigable con la muerte.