El OP parece experimentar un sesgo de confirmación con respecto a este problema. Parece un poco falso que el OP plantea una pregunta que contiene falacias lógicas y luego trata de evitar que los ateos respondan.
Los ateos critican todo tipo de intolerancia e intolerancia todo el tiempo, ya sea que la religión esté involucrada o no: homobigotry, racismo, intolerancia hacia diferentes creencias, forzar una religión en particular sobre los demás, tratar de infiltrar tonterías pseudocientíficas en clases de ciencias y sí, también intolerancia y atrocidades cometidas por regímenes como Corea del Norte que intentan reprimir la religión.
Además, el OP parece pensar que esos regímenes en los países que ha mencionado cometen sus atrocidades en nombre del ateísmo. Eso no es verdad. Las personas hambrientas de poder, codiciosas y corruptas suprimirán la religión o la utilizarán como mejor les parezca para controlar a las personas.
También parece que el OP está confundiendo el totalitarismo y el secularismo.
El totalitarismo es un sistema político en el que el estado tiene el control total sobre la sociedad y busca controlar todos los aspectos de la vida pública y privada siempre que sea posible.
Un estado secular es un concepto de laicismo, por el cual un estado o país pretende ser oficialmente neutral en cuestiones de religión, sin apoyar ni la religión ni la irreligión. Un estado secular también afirma tratar a todos sus ciudadanos por igual, independientemente de su religión, y alega evitar un trato preferencial para un ciudadano de una religión / no religión en particular sobre otras religiones / no religiones. Los estados seculares no tienen una religión estatal (religión establecida) o equivalente, aunque la ausencia de una religión estatal no significa necesariamente que un estado sea completamente secular; sin embargo, un verdadero estado secular debería mantener firmemente la gobernanza nacional sin la influencia de las facciones religiosas; es decir, separación de iglesia y estado.
Los mecanismos del totalitarismo fomentan la corrupción.
Los mecanismos del secularismo desalientan la corrupción.
El totalitarismo fomenta la intolerancia.
El secularismo fomenta la tolerancia.
El totalitarismo obstaculiza el progreso social.
El laicismo alienta el progreso social.
El totalitarismo suprime la religión (por ejemplo, Corea del Norte y la antigua URSS) o impone una religión específica a las personas (por ejemplo, países musulmanes con la ley islámica).
El secularismo promueve la libertad de religión y la libertad de religión.
En estos tres índices, Índice de Paz Global, Índice de Percepción de la Corrupción e Índice de Progreso Social, se puede observar que los diez mejores artistas son algunos de los países más seculares del mundo y también son algunos de los países menos corruptos y más pacíficos, que cuidan a su gente en términos de progreso social:
https://en.wikipedia.org/wiki/Gl …
https://en.wikipedia.org/wiki/Co …
https://en.wikipedia.org/wiki/Li …
También tenga en cuenta qué tan mal los regímenes totalitarios les va en los índices anteriores (ya sean regímenes que favorecen u obligan a una religión específica, regímenes que suprimen la religión o regímenes militares).
También notará que los diez principales países en las tres listas también son algunos de los países menos religiosos del mundo:

Sin embargo, tenga en cuenta que un país secular no necesariamente tiene que ser no religioso. Un país secular también puede ser muy religioso. El secularismo solo tiene que ver con la separación de la iglesia y el estado. Los países no son seculares porque no son religiosos. Es al revés: la tendencia es que los países seculares exitosos se vuelven cada vez más no religiosos al darse cuenta de que la religión no es necesaria para crear una sociedad pacífica y tolerante que cuide bien a su gente.
Como ateo, apoyo firmemente el concepto del estado secular: libertad de la religión, pero también tolerancia total hacia la libertad de religión, siempre que los grupos religiosos no intenten forzar los aspectos nocivos de sus creencias sobre los demás.
Referencias
https://en.wikipedia.org/wiki/To …
https://en.wikipedia.org/wiki/Se …