Según la visión tradicional musulmana, el Qiblah originalmente se enfrentó al Santuario Noble en Jerusalén. Este Qiblah se usó durante más de 13 años, desde 610 CE hasta 623 CE. Diecisiete meses después de la llegada del profeta islámico Mahoma 622 CE a Medina – la fecha se da como 11 de febrero de 624 – el Qiblah se orientó hacia la Kaaba en La Meca. Según los relatos tradicionales de los compañeros de Mahoma, el cambio ocurrió muy repentinamente durante la oración del mediodía en Medina, en una mezquita ahora conocida como Masjidal-Qiblatayn (Mezquita de los Dos Qiblahs). Mahoma estaba dirigiendo la oración cuando recibió revelaciones de Dios que le indicaban que tomara la Kaaba como la Qiblah (literalmente, “Gira luego Tu rostro en dirección a la Mezquita sagrada:”). Según los relatos tradicionales contenidos en el hadiz y la sira, Muhammad, que había estado enfrentando a Jerusalén, al recibir esta revelación, inmediatamente se dio vuelta para enfrentar a La Meca, y los que rezaban detrás de él también lo hicieron.
Después de La Meca y Medina, la ciudad amurallada de Jerusalén se considera la ciudad más sagrada del Islam porque fue la primera Qibla, o dirección de oración, del profeta Mahoma, y porque se considera el lugar de la mezquita. Aqsa, la mezquita más lejana, mencionada en el Corán: Gloria a Dios que llevó a su sirviente a un viaje nocturno desde la mezquita sagrada hasta la mezquita más lejana cuyos recintos bendecimos.
En 634–641 CE, la región, incluida Jerusalén, fue conquistada por los árabes que recientemente habían adoptado el Islam. Permaneció bajo control musulmán durante los siguientes 1300 años bajo varias dinastías. El control de la región transferida entre los califas Rashidun, omeyas, abasíes, fatimíes, selyúcidas, cruzados y ayubíes durante los siguientes seis siglos, antes de que el sultanato mameluco conquistara el área en 1260.
En 638 CE, Arabia cayó en una severa sequía seguida de una afamina. Los beduinos comenzaron a morir a causa del hambre y las enfermedades epidémicas. Pronto las reservas de alimentos en Medina comenzaron a agotarse, y Umar escribió a los gobernadores provinciales de Siria, Palestina e Irak en busca de ayuda. Se declaró un estado de emergencia en Medina y Arabia. La ayuda oportuna de los gobernadores de Umar salvó la vida de miles de personas en toda Arabia. El primer gobernador en responder fue Abu Ubaidah ibn al-Jarrah, el gobernador de Siria y comandante supremo del ejército Rashidun. Envió una carta histórica a Umar diciendo
Te envío las caravanas cuyo extremo estará aquí en Siria y el otro en Medina.
Las poblaciones locales de judíos y cristianos indígenas, perseguidos como minorías religiosas y sometidos a fuertes impuestos para financiar las guerras bizantinas-sasánidas, a menudo ayudaban a los musulmanes a tomar sus tierras de los bizantinos y persas, lo que resulta en conquistas excepcionalmente rápidas. A medida que las nuevas áreas se unieron al Estado Islámico, también se beneficiaron del libre comercio, mientras comerciaban con otras áreas del Estado Islámico, para alentar el comercio, el comercio en el Islam no está sujeto a impuestos, la riqueza está sujeta a impuestos. Los musulmanes pagaron el zakat por su riqueza a los pobres.
Desde la Constitución de Medina, solo pagaba la vigilancia policial para la protección de sus bienes. Para ayudar en la rápida expansión del estado, se mantuvieron los sistemas de recaudación de impuestos bizantinos y persas y la gente pagó un impuesto de encuesta más bajo que el impuesto por los bizantinos y los persas.
Edad media y califatos: la Jerusalén bizantina fue conquistada por los ejércitos árabes de Umar ibn al-Khattab en 638 CE. Entre los musulmanes de la era más temprana del Islam, se la llamó Madin en bayt al-Maqdis (“Ciudad del Templo”), que estaba restringida al Monte del Templo. El resto de la ciudad “… se llamaba Iliya, lo que refleja el nombre romano dado a la ciudad después de la destrucción del 70CE: Aelia Capitolina”. Más tarde, el Monte del Templo se hizo conocido como al-Haramal-Sharif, “El Santuario Noble”, mientras que la ciudad a su alrededor se conoció como Bayt al-Maqdis, y más tarde aún, al-Qudsal-Sharif “La Ciudad Noble”. La islamización de Jerusalén comenzó en el primer año AH (623 CE), cuando se ordenó a los musulmanes que miraran a la ciudad mientras realizaban sus postraciones diarias y, según la religión religiosa musulmana, tuvo lugar el viaje nocturno de Mahoma y su ascensión al cielo. Después de 13 años, la dirección de la oración se cambió a La Meca. En 638 CE, el Califato Islámico extendió su dominio a Jerusalén. Con la conquista árabe, los judíos fueron devueltos a la ciudad. El califa Rashidun Umar ibn al-Khattab firmó un tratado con el patriarca cristiano de Jerusalén Sophronius, asegurándole que los lugares sagrados y la población cristiana de Jerusalén estarían protegidos bajo el dominio musulmán. La tradición árabe-cristiana registra que, cuando se le hizo rezar en la Iglesia del Santo Sepulcro, uno de los lugares más sagrados para los cristianos, el califa Umar se negó a rezar en la iglesia para que los musulmanes no solicitaran la conversión de la iglesia a una mezquita. Rezó fuera de la iglesia, donde se encuentra la Mezquita de Umar (Omar) hasta el día de hoy, frente a la entrada de la Iglesia del Santo Sepulcro. Según el obispo de Gaullic, Arculf, que vivió en Jerusalén del 679 al 688, la Mezquita de Umar era una estructura rectangular de madera construida sobre ruinas que podía albergar a 3.000 fieles.
Cuando los musulmanes fueron a Bayt Al-Maqdes por primera vez, buscaron el sitio de la Mezquita Al-Aqsa (“La mezquita más lejana”) que se mencionaba en el Corán y Hadith según las creencias islámicas. Fuentes contemporáneas árabes y hebreas dicen que el sitio estaba lleno de basura, y que los árabes y los judíos lo limpiaron. El califa omeya Abdal-Malik encargó la construcción de la Cúpula de la Roca a finales del siglo VII. El historiador del siglo X al-Muqaddasi escribe que Abd al-Malik construyó el santuario para competir en grandeza con las iglesias monumentales de Jerusalén.
Durante los siguientes cuatrocientos años, la prominencia de Jerusalén disminuyó a medida que las potencias árabes en la región se disputaron el control. Jerusalén fue capturada en 1073 por el comandante turco selyúcida Atsız. Después de que mataron a Atsız, el príncipe selyúcida Tutush le cedió la ciudad a Artuk Bey, otro comandante selyúcida. Después de la muerte de Artuk en 1091, sus hijos Sökmen e Ilghazi gobernaron en la ciudad hasta 1098 cuando los fatimíes recuperaron la ciudad.
Un movimiento mesiánico de caraítas para reunirse en Jerusalén tuvo lugar a comienzos del milenio, lo que condujo a una “Edad de Oro” de la erudición karaíta allí, que solo fue terminada por las Cruzadas. En 1099, el gobernante fatimí expulsó a la población cristiana nativa antes de que Jerusalén fuera conquistada por los cruzados, quienes como la mayoría de sus habitantes musulmanes y judíos eran sagrados cuando tomaron la ciudad sólidamente defendida por asalto, después de un período de asedio, y dejaron la ciudad vacía de personas; Más tarde, los cruzados crearon el Reino de Jerusalén. La ciudad había sido virtualmente vaciada y recolonizada por la afluencia de griegos, búlgaros, húngaros, georgianos, armenios, sirios, egipcios, nestorianos, maronitas, jacobitas miafitas, coptos y otros, para bloquear el regreso de los musulmanes y judíos sobrevivientes. El barrio del noreste fue repoblado con cristianos orientales de Transjordania. Como resultado, en 1099, la población de Jerusalén había ascendido a unos 30,000.
En 1187, la ciudad fue arrebatada de los cruzados por Saladino, quien permitió que judíos y musulmanes regresaran y se establecieran en la ciudad. Bajo los términos de la rendición, una vez rescatados, 60,000 francos fueron expulsados. A la población cristiana oriental se le permitió quedarse. Bajo la dinastía ayyubí de Saladino, comenzó un período de grandes inversiones en la construcción de casas, mercados, baños públicos y albergues de peregrinos, así como en el establecimiento de fondos religiosos. Sin embargo, durante la mayor parte del siglo XIII, Jerusalén declinó al estado de una aldea debido a la caída del valor estratégico de la ciudad y las luchas internecinas de Ayyubid.
De 1229 a 1244, Jerusalén volvió pacíficamente al control cristiano como resultado de un Tratado de 1229 acordado entre el emperador sagrado romano Frederick II y al-Kamil, el sultán ayubí de Egipto, que terminó con la Sexta Cruzada. Los ayubíes conservaron el control de los lugares sagrados musulmanes, y las fuentes árabes sugieren que a Federico no se le permitió restaurar las fortificaciones de Jerusalén.
En 1244, Jerusalén fue saqueada por los tártaros Khwarezmian, quienes diezmaron a la población cristiana de la ciudad y expulsaron a los judíos. Los tártaros de Khwarezmian fueron expulsados por los ayubíes en 1247. Cuando Najmánides lo visitó en 1267, solo encontró dos familias judías, en una población de 2.000.300 de los cuales eran cristianos, en la ciudad. De 1260 a 1517, Jerusalén fue gobernada por los mamelucos. Durante este período de tiempo, se produjeron muchos enfrentamientos entre los mamelucos de un lado y los cruzados y los mongoles del otro lado. El área también sufrió muchos terremotos y peste negra. La Orden del Santo Sepulcro mantuvo cierta presencia cristiana europea en la ciudad.