Creo que, lamentablemente, no hay duda sobre este:
Judios
Entre la esclavitud y la matanza mencionadas en el Antiguo Testamento (suponiendo que sean ciertas … Dudo en usar textos de más de 4000 años como fuente de hecho, pero es razonable suponer que algunos judíos fueron asesinados por su fe durante este tiempo), el pogromos de los rusos (y posteriores soviéticos), y por supuesto del Holocausto, los judíos han sido asesinados en cantidades superiores a 10 millones (al menos) solo por ser judíos. Ese número es probablemente más como 20 o 30 millones. Stalin fue particularmente brutal, aunque su brutalidad tiende a ser eclipsada por Hitler.
Los cristianos y musulmanes también han sido asesinados en grandes cantidades, pero en muchos de esos casos no fue directamente por razones religiosas (aunque en muchos casos lo fue).
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Esto es particularmente repugnante considerando lo pequeña que es la población judía total. 20 millones de personas son muchas, no importa cómo lo dividas. Sin embargo, es solo alrededor del 1% de la población cristiana actual. ¡Hoy es más que la población total de judíos en todo el mundo!
EDITAR:
Ha habido comentarios de que muchos judíos pueden no haber sido asesinados por razones religiosas (específicamente el Holocausto). Puedo apreciar ese ángulo, aunque diría que sin la religión, no habría otro ángulo. Dicho esto, se podría argumentar que el Holocausto y otros asesinatos antisemitas estuvieron más motivados por prejuicios culturales o racismo que por intolerancia religiosa. No estoy seguro de que las posibles fuentes de prejuicio se puedan separar, por lo que dejo la respuesta sin editar.