Tal relación como tenían no era buena. De hecho, lejos de colaborar, los cruzados empeoraron las cosas para los coptos. Antes de las Cruzadas, los cristianos coptos habían mantenido santuarios en Jerusalén. Sin embargo, los cruzados católicos vieron a los coptos como herejes (una evaluación que incluso los antiguos aliados bizantinos de los cruzados estuvieron de acuerdo) y los expulsaron. Al mismo tiempo, los fatimíes, que gobernaron Egipto y, por lo tanto, tenían autoridad sobre los cristianos en el Nilo, comenzaron una ola de persecuciones. Las Cruzadas habían vuelto fuertemente el sentimiento musulmán contra los cristianos de todas las tendencias.
Más al sur, en Etiopía, las Cruzadas no pudieron haber pasado desapercibidas, solo porque el reino de Etiopía enviaba peregrinos a Jerusalén regularmente y la corona etíope financiaba algunos de esos santuarios. Cuando Saladino tomó Jerusalén a fines del siglo XII, se propuso no solo invitar a los coptos a regresar, sino que incluso los eximió de ciertos impuestos. Parece que los cristianos en Etiopía se llevaban mejor con algunos musulmanes que con los cruzados.