Primero, quizás necesitemos distinguir entre el Islam y todos los pueblos variados que lo siguen. De modo que gran parte del progreso científico, médico y filosófico fue realizado por culturas antiguas ya predispuestas al progreso: Irán / Persia; Siria; Irak; y, por supuesto, el califato en lo que hoy es España. El hecho de una religión común indudablemente ayudó. . . pero es digno de mención que el Islam temprano fue bastante inclusivo y algunos de los más grandes pensadores dentro de los imperios islámicos fueron cristianos y judíos, así como el desarrollo de los números arábigos y el concepto de cero provino de la tradición hindú. Además, los primeros buscadores de la verdad musulmanes eran muy conscientes de los antiguos griegos, especialmente Aristóteles, y construyeron sus propias investigaciones sobre libros y pensaron que se habían perdido en Europa desde la caída del Imperio Romano. Muchos de ellos también eran ateos o agnósticos, por lo que no eran estrictamente musulmanes, aunque obviamente se beneficiaban de vivir en una sociedad islámica liberal. Lo que no es para censurar a esos primeros pensadores islámicos: fueron los guardianes de la verdad y los desarrolladores de la investigación científica.
Sin embargo, casi desde el principio ha habido una división en el Islam entre aquellos que desean progreso y efectivamente una separación entre la iglesia y el estado, y aquellos que desean una sociedad en la que la ciencia esté subordinada a la teocracia. Hay poca diferencia entre IS hoy y aquellos que persiguieron a los grandes pensadores islámicos hace varios cientos de años. Parece que cada vez que una sociedad islámica logró lo que otras religiones reconocerían como civilización, un grupo de fundamentalistas salió gritando del desierto para destruirlo. La única forma de derrotarlos ha sido con medidas igualmente duras, reemplazando así una forma de tiranía por otra, ninguna de las cuales ayuda al progreso científico.